肛瘘(肛门直肠瘘)是指肛门四面的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。内口常位于直肠下部或肛管，一个;或多个外口在肛周皮肤上，经久不愈或间歇性反复发作，临床上细分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘。
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1、细菌感染：由于肛管直肠部位是"排污"的重要通道，细菌非常容易侵入肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体，造成感染发病，逐渐形成脓肿，破溃而为肛瘘。
2、直肠肛门损伤、外伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。
3、肛周脓肿：肛周脓肿是导致肛瘘的主要因素。肛周脓肿患者常不予以重视，肛周脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，即成瘘管，肛瘘由此形成。
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